Na današnji dan prije 42 godine, na blagdan Gospe Fatimske, 13. svibnja 1981. izvršen je atentat na njega. Bilo je 17 sati i 17 minuta, prije početka opće audijencije srijedom.

Turčin Mehmet Ali Agca pucao je pištoljem iz blizine i ranio papu u trbuh, kažiprst i desni lakat. Kao da je "nevidljiva ruka" vodila putanju metka, što svjedoče brojni liječnici. Metak je zaobišao sve važne krvne žile i vitalne organe. Čudo da je ostao živ dogodilo se, kako je i sam papa posvjedočio, po Marijinoj majčinskoj brizi za Crkvu i cijeli svijet. Papa je dvije godine poslije posjetio Ali Agcu u turskom zatvoru gdje je služio doživotnu kaznu i sve mu oprostio, a pomilovan je 2000. godine.